آرای کیفری به دستور و تحت نظارت قاضی اجرای احکام کیفری اجرا می‌شود و در مواردی که طبق قانون، اجرای رأی باید توسط وزارتخانه‌ها، مؤسسات و شرکتهای دولتی و نهادهای عمومی غیردولتی و سازمانها و نهادهایی که شمول قانون بر آنان مستلزم ذکر یا تصریح نام است به عمل آید، قاضی اجرای احکام کیفری، ضمن صدور دستور اجرا و ارائه تعلیمات لازم، برچگونگی اجرا و اقدامات آن‌ها نظارت دارد.